本实用新型涉及生物制药技术领域，具体为一种制药污染物净化装置，包括基础沉淀池，所述基础沉淀池的顶部固定连接过滤网，所述基础沉淀池的一侧设置有第一污水泵，所述第一污水泵的一侧设置有过滤罐，所述过滤罐的内部设置有鹅卵石过滤层，所述过滤罐的内部设置有细沙过滤层，所述过滤罐的一侧设置有第二污水泵，所述第二污水泵的一侧设置有生物反应池。该制药污染物净化装置，通过设置有微生物支撑台，微生物支撑台的表面设置有波浪形，大大提高了生物反应池内的反应速率，提高微生物的降解速率，通过设置有分层板，可以有效增加降解速率，减少降解时间，通过设置有功能降解球，大大提高了微生物的活跃性与降解能力。