本技术涉及一种基于混合光纤结构的全光纤滤波器，它包括普通单模光纤10，少模光纤21，普通单模光纤10与少模光纤21熔接而成的第一椭球光纤结构31，少模光纤21与少模光纤21熔接而成的第二椭球光纤结构32，少模光纤21与普通单模光纤10的偏芯熔接点33。第一椭球光纤结构31和第二椭球光纤结构32能加大模场失配程度，更有效的激发高阶模式，同时在偏芯熔接点33处重新发生耦合，利用这两种结构旨在得到更高的滤波消光比。该滤波器制作方法简单，结构紧凑体积小，稳定性好。将之用于光纤激光器系统，由于其全光纤结构可以保证光纤激光器的整体性，同时可以得到输出激光波长数量可切换且激光波长位置可调的光纤激光器。