本实用新型公开了一种基于MBBR与磁分离的污水自养处理系统，涉及污水净化处理领域。包括反应器，反应器通过MBBR与磁分离沉淀二者结合的方式对污水进行处理，该反应器包括依次连通的厌氧池、缺氧池、好氧脱碳池、二沉池、第一自养脱氮池、第二自养脱氮池、好氧硝化池、脱气池、加药混合池、磁种加载池、絮凝反应池及终沉池；还包括磁粉分离装置和磁粉回收装置，磁粉分离装置与终沉池的出泥管连接，磁粉回收装置分别与磁粉分离装置、磁种加载池连接，在好氧硝化池与缺氧池之间连接有硝化液回流管。本实用新型通过将MBBR与磁分离技术二者结合，实现了污染物全指标高效处理，出水水质指标可达类地表IV类水标准。