本实用新型提供一种冻干粉针剂西林瓶自动传输轨道收瓶装置，涉及西林瓶收集设备领域，包括第一传动装置和第二传动装置，第一传动装置的底部设有第一立柱和第一驱动电机，第二传动装置的底部设有第二立柱和第二驱动电机，第一挡板设有两个缺口，第一传动装置的一侧连接第一整瓶装置和第二整瓶装置，第一整瓶装置和第二整瓶装置的底部的上表面与第一传动装置的上表面均在同一平面上，第一传动装置的一端设有分离装置，第二传动装置一端与分离装置之间设有若干轨道，若干轨道均与分离装置的若干出口的位置相对应，第二传动装置的另一端设有收集盒。本实用新型操作简单，可提高工作效率。