本实用新型公开了一种厌氧发酵池搅拌器密封机构，包括轴承座、连接板、法兰和密封套管，主轴通过轴承固定在轴承座上，主轴的一端与电动机连接，轴承座远离电动机的一端设置连接板，轴承座靠近电动机的一端设置轴承端盖，连接板上开设有密封空间，密封空间内设置有旋转唇形密封圈，连接板与轴承座之间设置有采用聚四氟乙烯材质制成的密封垫圈，连接板远离轴承座的一侧通过法兰与密封套管连接；使用聚四氟乙烯材质的旋转唇型密封圈后，主轴与旋转唇型密封圈紧密贴合，稀油都可以密封，由于搅拌器设备转速低，甘油流动性差，密封效果可靠，比使用机械密封，结构更简单，成本更经济，运行效果很理想，很好的满足了厌氧发酵池的使用。