本实用新型公开了一种用于灭菌装置的废水处理机构，包括灭菌箱和废水收集箱，所述灭菌箱安装在废水收集箱的上部。所述废水收集箱的顶部四拐角处均竖直设置有连接孔，连接孔的内部底端连接有回位弹簧，且废水收集箱的两端均连接有两组紧固螺栓，紧固螺栓的一端贯穿进入到连接孔的内部，废水收集箱的顶部中端设置有插孔，所述废水收集箱的内部连接有滤网板。高压的环境下能使得液体通过单向阀向外排出，且外部的物质不能通过单向阀进入到灭菌箱的内部，能保证灭菌箱的洁净，具有良好的杀菌效果，又能保证废水及时的排出。