本实用新型公开了动物制药用药瓶清洁装置，包括底座，所述底座的上表面固定连接有两根电动伸缩杆，所述电动伸缩杆的输出端固定连接有驱动箱，所述底座的上表面设有多个等距排布的药瓶放置槽，所述药瓶放置槽内设有用于对药瓶固定的夹持机构，多个所述药瓶放置槽的上方均设有清洁头，所述清洁头包括水平设置的固定板，所述固定板的下表面固定连接有刷洗头，所述刷洗头的四周环形阵列排布有多个活动刷洗条。本实用新型通过设置多个刷洗条，可方便清洁头通过药瓶中较小的瓶口，当转轴带动清洁头旋转对药瓶进行清洁时，在离心力的作用下，各个刷洗条向远离刷洗头的方向移动，并紧贴药瓶的内壁，刷洗效果好，不易留下清洗死角。