本实用新型提供基于药物化学用微波催化药物反应装置，包括插孔，左取样管，右取样管，中取样管，阀门，回液管，回扬泵，排液口，取样罐，过滤网和转杆；所述微波式反应器主体的左侧贯穿有第一药液注入管和第二药液注入管，且在微波式反应器主体的右侧贯穿有一根外排管；所述第一药液注入管，第二药液注入管以及外排管上均还安装有过滤器，它们共同连接在前侧一个取样罐上，因此可以从微波式反应器的左、中、右三处位置分别取样，将它们截流到取样罐中，根据这三处取样位置所获得的药液取样，以观察微波式反应器内药液混合的情况，实现中间截流三个不同位置的取样比对，来不断的完善混合质量。