本实用新型公开了一种智能变频器控制系统，其包括第一变频器、第二变频器、控制器及感温装置，所述第一变频器一侧连接有第一水泵，所述第二变频器一侧连接有第二水泵，所述第一变频器及第二变频器用于连接外部交流电源，所述控制器分别电性连接第一变频器及第二变频器，所述感温装置与控制器电性连接。本实用新型通过设置感温装置对环境水温进行监控，配合控制器根据环境水温监控信号对第一变频器及第二变频器进行控制，使得第一变频器及第二变频器将外部交流电源的频率调节成合适的频率输出至第一水泵及第二水泵，进而提升用电效率，达到节能省电的效果，并提高第一水泵及第二水泵的使用寿命。