本实用新型涉及一种淀粉糖废水处理系统，包括中期废水回收罐，中期废水回收罐通过回收管路和回收阀门分别与淀粉糖生产过程中的离子交换柱的阳柱和阴柱连通，在中期废水回收罐内设置搅拌装置，中期废水回收罐还通过另外设置的好氧管路、好氧阀门和好氧输送泵与好氧池连通，在好氧管路上还并联冷却管路与中期废水回收罐连通，在该冷却管路上设置了冷却装置和冷却阀门。本实用新型对中期废水进行回收，调整中期废水的pH值和温度后再导入好氧池去处理，降低去厌氧池处理废水的总量，减轻其废水处理负荷，降低废水处理成本，达到节能减排的目的。