本实用新型实用新型属于膜分离领域，特别涉及一种多肽膜分离装置，包括储料装置、第一过滤组件、第二过滤组件和储料容器，储料装置上设有出料端和进料端，第一过滤组件上设有第一隔板和第二隔板，第一隔板和第二隔板之间通过多个过滤管连接，储料装置上的出料端与第一过滤组件上的进口端通过管道连接，第一过滤组件上的第一出口端与第二过滤组件上的进料口通过管道连接，第二过滤组件上的第一出料口与储料容器通过管道连接，在多个过滤组件上有多个过滤管和多个过滤芯管，有利于对多肽膜进行分级分离工作，有利于循环使用多肽膜，减少资源的浪费，通过在储料装置内设置液位传感器和警报装置，有利于及时发现储料装置中的故障情况。