本实用新型公开了一种生产微生物肥料菌剂的纳米提纯装置，包括主体和安装盒，所述主体的顶部安装有进口漏斗，且主体的内部嵌合安装有固定桶，所述固定桶的内部安置有离心机构，所述离心机构的底部连接有连接管，所述连接管的下方安装有过滤机构，所述安装盒的内部安装有放置盒，且安装盒位于过滤机构的下方。该生产微生物肥料菌剂的纳米提纯装置设有离心机构，离心机构内部的离心装置是由连接棒和离心机组成的，连接棒主要用来与搅拌杆进行连接，而离心机主要提供动力源，滑道与滑块的设置，能够起到一个导向的作用，搅拌杆会沿着滑道的方向进行转动，避免搅拌杆因为没有支撑，进而导致长时间的使用造成损伤。