本实用新型公开了一种土壤微波杀虫灭菌装置，包括杀菌箱，所述杀菌箱的一侧焊接有支撑板，所述支撑板上安装有正反转电机，所述正反转电机的输出端通过联轴器传动连接有丝杆，所述丝杆的两端均转动连接在杀菌箱上，所述丝杆的圆周上通过传动螺母滑动连接有第一滑块，所述第一滑块的底部安装有微波发生器，所述杀菌箱的底部安装有滑轨，所述滑轨上滑动设置有第二滑块，所述第二滑块的上表面焊接有存土槽。本实用新型通过将土壤铲入存土槽内，启动微波发生器能够对土壤进行杀虫灭菌，同时通过正反转电机带动丝杆转动，丝杆带动第一滑块移动，从而使微波发生器移动，能够方便对整个存土槽进行杀虫灭菌，增加杀虫灭菌的效果。