本实用新型提供了一种用于智能马桶中排泄物采样装置的清洁系统，属于卫浴设备技术领域。它解决了现有采样装置采样后影响下次采样的问题。本用于智能马桶中排泄物采样装置的清洁系统包括马桶主体、马桶盖和排污管，所述的马桶主体由内缸体和外缸体组成，所述的内缸体开设有排污口，且与排污管的前端形成储水槽，所述内缸体和排污管的连接处安装有采样管，且采样管的另一端安装有样本处理器，所述的样本处理器上设置有排污水管，所述的马桶主体内设置有出水电磁阀，该出水电磁阀通过水管分别与采样管和样本处理器相连通。本实用新型具有清洗采样装置且不影响下次采样结果的优点。