本实用新型公开了一种健身车的磁控刹车系统，包括一由铁磁材料制成的飞轮和一刹车控制机构，飞轮转动安装于健身车的车架上，刹车控制机构具有刹车螺杆、磁铁座和多个磁铁，刹车螺杆安装于车架上、并还同时位于飞轮的上方，磁铁座活动位于刹车螺杆与飞轮之间，且在磁铁座朝向飞轮的下侧上还定位安装有多个磁铁，刹车螺杆还能够朝向或者背向磁铁座运动，以带动使得磁铁座连同多个磁铁一起靠近或者远离于飞轮；特别的，在飞轮的外周缘上还定位包覆有一由非铁磁材料制成的隔磁圈。所述健身车的磁控刹车系统既能有效提升骑乘者的训练效果；又能有效避免飞轮抱死的可能，保证健身车正常使用。