本实用新型公开了一种水轮机的轴承密封机构，包括水轮机机壳上盖本体、设置在水轮机机壳上盖本体上表面中心位置的装入槽、设置在装入槽的内部下端中心位置的轴孔、插设在轴孔内的主导轴、装入装入槽内的轴承、套设在主导轴上并且端部安装在水轮机机壳上盖本体上表面的压盖、装设在压盖中心孔并且套入主导轴的密封环，装入槽的外沿设有插入槽。软质环的下端受到环凸的抵压而造成软质环下端内凹，软质环的下端软性扒附在环凸上，从而具有良好的封闭性，填料层在软质环向下抵压而成的圆环结构，由于填料层内部分子细密，可阻止水流通过其内部，从而防止水流向软质环和环凸抵压缝隙渗入。