本实用新型公开了一种微流控样品处理设备的故障检测装置，包括至少一个检测单元，所述检测单元包括一对间隔设置的光电检测开关及一个用于随机械臂或机械臂的枪头移动的挡片，所述挡片设置于一对所述光电检测开关之间，当所述挡片位于任一所述光电检测开关处时，所述光电检测开关被触发。该故障检测装置能够检测机械臂或枪头的移动行程，一旦机械臂发生故障，挡片到达光电检测开关位置，光电检测开关就会被触发，避免机械臂的错误运行损坏样品和机器本身。