本实用新型公开了软式内镜自动清洗器，包括绕线盘底壳，所述绕线盘底壳内开设有穿孔，所述穿孔内固定连接有轴承，所述绕线盘底壳前端开设有等距分布的第一螺纹孔，所述绕线盘底壳前端活动连接有端盖，所述端盖上开设有等距分布的第二螺纹孔，所述第二螺纹孔和第一螺纹孔内螺纹连接有第一螺栓。该软式内镜自动清洗器，通过第一螺栓、第一螺纹孔和第二螺纹孔的配合使用，便于端盖的拆卸，从而方便毛刷进行安装和拆卸，结构简单，操作方便，通过转动轴的设计，便于与电钻的连接，通过电钻带动转动轴转动，从而将清洗毛刷收回，节省时间，且降低清洗人员的劳动强度，限定清洗毛刷的方向，提高清洗毛刷移动时的稳定性，便于清洗毛刷的收放。