本实用新型公开了一种自动搅动型生物药剂用量筒结构，包括底架，设置在底架上的量筒支撑台，在量筒支撑台中心固定有量筒插孔，在底架的侧部固定有竖支杆，在竖支杆的侧面设置有升降竖槽，在竖支杆的顶部固定有与滚珠丝杆相连接的调节手柄，在滑块的侧面固定有搅动座板，在搅动座板的顶部固定有搅动电机，在搅动轴杆的底部固定有搅动叶片，在搅动座板的顶面固定有鼓风机，在搅动座板的底面固定有倾斜通孔，在倾斜通孔内均设置有导风管，在竖支杆的顶部固定有限位挡板，导风管的上部固定有限位凸台。本实用新型的结构设置合理，有利于提高处理效率，避免生物药剂被带出量筒，有利于减少浪费及污染，有利于提高分析的准确率，适用性强且实用性好。