本实用新型提供了多路微量流体高精度灌装系统，包括溶液箱、溶液腔和气缸，溶液腔内部为圆柱状腔体，且内部设置隔板，将腔内均匀分隔为一个或者多个灌装腔室，每个灌装腔室的顶部均通过进液管道与溶液箱连通；气缸的输出轴连接活塞杆，活塞杆水平设置，且贯穿溶液腔内部的每个灌装腔室，每个灌装腔室内的活塞杆上均周向设置活塞；活塞与灌装腔室的内壁紧贴，且使每个灌装腔室的剩余容积与单次待灌装的液体体积相同；每个灌装腔室的底部均连接出液喷管。本实用新型结构简单，操作方便，设备成本低，采用活塞式的推流结构，精度高，可实现1ml以内的微量流体灌装，灌装效率高。