本实用新型涉及医疗器械技术领域，尤其涉及一种血栓清除导管系统，包括抽吸导管、Y型止血阀、开通器以及抽灌器，所开通器远离Y型止血阀的端部通过压力延长管可拆卸地连接在抽灌器上，所述Y型止血阀的分叉端通过高压连接管连接在抽灌器上，所述开通器包括中空导管、血栓分离器、芯丝以及导管座，所述血栓分离器穿过抽吸导管的管腔并与中空导管一体连通设置，所述中空导管上还设有注射孔；所述抽吸导管包括阶梯变径管体以及连接座，本实用新型结构设计合理，能够在保证血栓抽吸效果的同时，通过导管在血栓内部释放溶栓药软化硬化的血栓，然后进行血栓抽吸，降低了器械使用量和溶栓药物的使用量，降低了治疗时间和手术成本，减轻了病人的负担。