本实用新型公开了一种多功能鱼苗孵化器，包括底座，所述底座的上方设有孵化池，孵化池的底部固定安装有四个支撑柱，四个支撑柱的底部均固定安装在底座的顶部，四个支撑柱呈两两对称设置，孵化池上开设有第一孵化腔和第二孵化腔，第一孵化腔和第二孵化腔的顶部均为开口构造，孵化池的一侧固定安装有增氧泵，增氧泵的排气端固定安装有气管，气管远离增氧泵的一端贯穿第一孵化腔并延伸至第二孵化腔内。本实用新型设计合理，实用性强，能够对孵化池内的水进行灭菌消毒和加热处理，可对水中的杂质颗粒、气味和氯离子进行吸附过滤，使得孵化池内的水质保持洁净，提高了鱼苗鱼卵的存活率，提高孵化效率，使得水资源循环利用，节约水资源。