本实用新型公开了一种自动排序理料的药卷分拣包装装置，它包括依次连接的接料结构、中转结构、分拣结构，接料结构接近末端设置有限位辊轮，所述限位辊轮最低点与接料输送皮带上表面的垂直距离大于药卷的直径且小于药卷的直径的两倍，接料结构、中转结构连接处之间设置有理料排序机构，理料排序机构包括转接缓冲架，转接架内设置有若干相互连接的分流槽，分流槽底部开设有药卷出口，分流槽包括相对设置的两个理料分隔板，理料分隔板由相互连接的弧形段以及直线段组成，分流槽内弧形段之间的距离逐渐减小，理料分隔板末端之间设置有缓冲板。本实用新型减少了安全隐患，为后续的药卷理料排序提供了便利，省去了后续排序理料的人工作业工序，节省了人工成本。