本实用新型涉及一种抗生素生物发酵残留的降解处理系统，属于环境污染技术领域。包括预热搅拌罐和多组相互串联的处理单元，所述预热搅拌罐的进料端引入生物发酵残留物，对生物发酵残留物进行预热、搅拌，所述预热搅拌罐的出料端与首个处理单元的进料端连接，生物发酵残留物由多个处理单元完全降解后经末尾处理单元的出料端引出。所述处理单元包括依次串联的多级泵组、多级换热器和负压喷射罐。本申请中抗生物生物发酵残留通过高温高压到低温低压的过程，使残留抗生素的细胞中的水转换为气体时，抗生素细胞体积急剧膨胀，破坏了抗生素细胞壁；在没有细胞壁的保护下，高温使得生物发酵中抗生素残留完全降解。本申请结构简单，操作便捷。