本实用新型涉及一种甲醇燃料电池系统结构，包括有主支架，主支架的底部设置有主支架底板，主支架底板上安装有甲醇系统，甲醇系统上连接有混液系统，主支架位于混液系统的一侧安装有散热系统，混液系统上还连接有过滤系统，主支架内设置有独立的分离器组件与进气系统，分离器组件与散热系统相连，主支架内设置有电堆组件，主支架的顶部设置有控制系统，主支架的顶部还安装有外盖。由此，能够实现集成式的构造，结构紧凑。设有独立的散热系统，满足甲醇系统长时间的稳定工作。过滤系统与分离器组件相互配合，拥有较佳的过滤效果，提高使用寿命。