本实用新型公开一种酶处理废水的反应器，包括外筒和其内侧紧贴的两端封闭的内筒，内筒的轴心顶端连接旋转电机，内筒内通过隔板均分为三个反应室，反应室内设置有载有固定酶的折流板，反应室的侧壁内设置有若干喷头，反应室的顶部的壁上设置有内进水口，底部设置有内出水口，底端与外筒之间形成混凝室，混凝室内设置有搅拌装置，底部设置泥渣出口，壁上还设置有外出水口，外筒的壁沿周向均分为三个反应区、清洗区和加酶区，反应区设置有与内进水口对应的外进水口；清洗区设置有与喷头的进水口对应的清洗进水口；加酶区设置有与内进水口对应的加酶口。该反应器具有酶活性持续时间长、酶处理效率高、泥量少、处理时间短、出水总磷、总镍达标等优点。