本实用新型公开了一种屋面变形缝的防水结构，包括分设于变形缝两侧的第一混凝土反坎和第二混凝土反坎；第一混凝土反坎的顶面覆盖有第一环氧砂浆层，第二混凝土反坎的顶面覆盖有第二环氧砂浆层；变形缝的顶端开口由PVC防水卷材层封闭，该PVC防水卷材层由沿变形缝延伸方向铺设的阻燃型PVC防水卷材搭接而成，且PVC防水卷材层的两侧分别覆盖在第一环氧砂浆层和第二环氧砂浆层上；PVC防水卷材层的两侧还分别覆盖有第一聚氨酯防水涂料层和第二聚氨酯防水涂料层；第一聚氨酯防水涂料层上还覆盖有第一自粘防水卷材，第二聚氨酯防水涂料层上还覆盖有第二自粘防水卷材。本实用新型能解决阻燃型PVC防水卷材与混凝土直接粘结不牢的问题，防水效果长期可靠。