本实用新型提供了一种双闭环脉动抑制微型高压泵控制系统，包括微型高压泵和控制系统，所述微型高压泵包括高压泵头、压力传感器、出液管、进液管、压缩弹簧、主动轮、从动轮、凸轮、同步带、直流电机、增量式光电编码器、光电开关、高压泵体、并连接头、第一柱塞杆、第二柱塞杆；所述控制系统包括MCU、专用运动控制器、运动梯形图发生器、闭环PID调节器、电机位置解码器、电机功率驱动器。本实用新型提供的一种双闭环脉动抑制微型高压泵控制系统，从电机扭矩上保证压缩弹簧工作的扭矩匹配，并降低对于机械安装的精度需求，从而给检测系统提供稳定的流量、以及更高的检测精度，减小对于机械双凸轮运动曲线的严格精确度。