本实用新型涉及水环境治理技术领域，提供一种原位水体生物净化池，设于待净化水域内，包括围合后具有净化空间的围挡、设于净化空间底部的曝气装置、设于待净化水域内且可向净化空间内供水的供水装置，以及设于净化空间的净化装置，净化装置包括由下向上叠置的至少两层净化层，至少两层净化层为厚度不同的填料层，最上层的填料层顶部呈弧形堆叠设置。通过设置厚度不同的填料层，通过自然选择的方式，使得具有吸收和降解水质氮磷等污染物的功能微生物在填料上附着生长，形成生物膜，发挥土著微生物原位修复水体的功能；在净化过程中，供水装置与曝气装置配合使用，有助于促进净化空间的水体内循环，防止水质进一步恶化和藻类爆发。