本实用新型公开了一种用于肥水复合菌的封存装置，具体涉及水产养殖领域，包括底座和壳体，所述壳体内腔的中部固定安装有分隔板，所述分隔板的两侧位于壳体的内腔开设有储液仓和输液仓，所述底座内腔的左侧开设有抽真空管，所述抽真空管的底端位于壳体的外侧固定安装有真空压力表，所述真空压力表的底端位于壳体的内腔开设有进料口。本实用新型通过在肥水复合菌封存装置内设有储液仓和输液仓，其在储液仓内设有真空压力表以及抽真空管，从而可以避免储液仓内部氧气过多，从而导致其质量发生损坏，且在输液仓内设有搅拌组件，从而保证在使用时可以将因放置过久产生沉淀的液体搅拌均匀，从而来提高工作效率。