本实用新型公开了一种主机房水冷空调系统，包括单片机、定时器、蓄电池恒温箱、室内空调、水循环设备和换热设备，所述蓄电池恒温箱与所述单片机连接，所述单片机与室内空调连接并与所述室内空调配合，所述室内空调通过所述水循环设备与所述换热设备连接，所述水循环设备为循环水泵，所述换热设备采用井下循环盘管且在所述循环盘管的周围填充高热填充剂，所述定时器与所述单片机连接、用于定时。实施本实用新型的主机房水冷空调系统，具有以下有益效果：达到闲置时间自动为水箱制冷、延长设备寿命、节能省电。