本实用新型公开了一种藻水分离器，包括支撑杆和中转箱，所述支撑杆设有四根，四根所述支撑杆呈矩形阵列布置，相邻的两个支撑杆之间均通过纽扣安装有第一滤网，四个所述第一滤网的底部之间安装有同一个的第二滤网，四个所述第一滤网的底部均固定有挡板，四个所述挡板的底部之间安装有同一个底板，所述底板的顶部安装有水泵，所述水泵的出水口与中转箱之间连通有软管，所述中转箱的侧边开设有溢水口，所述中转箱上靠近溢水口的一侧安装有长方体结构的框架，所述框架的内部设置有分离箱，本实用新型所达到的有益效果是：可以快速处理使藻水分离，防止蓝藻聚集，大大提高了水质净化速度，减少水环境污染，提高太湖水域治理的社会效果。