本实用新型公开了一种用于临床样品中微生物检测的样品处理过滤装置，包括第一过滤杯，可与第一过滤杯结合的离心管，以及用于检测观察的平底检测瓶；所述第一过滤杯结合在离心管上部，第一过滤杯的底部设有规格小于样品中目标微生物的第一滤膜；所述平底检测瓶设有能盖紧瓶子的瓶盖，瓶内上部设有支撑平台，用于放置第一过滤杯。在所述第一过滤杯的上部还可设有可拆分的第二过滤杯，所述第二过滤杯的底部设有规格大于样品中目标微生物但小于样品中干扰物的第二滤膜。使用本实用新型处理样品，过程简单，非常的快捷有效；得到的样品可以直接用于检测步骤，避免二次污染；装置简单，成本低廉，大大节约成本；并可提高检测速率，具有良好的应用价值。