本实用新型提供一种用于医疗机构的污水处理装置，涉及污水处理领域。该用于医疗机构的污水处理装置，包括机体，所述机体的一侧设置有进水管，所述进水管的表面设置有阀门，所述机体的内壁固定安装有搁板，所述搁板的上表面固定安装有搅拌桶，所述机体的底部固定安装有灭菌箱，所述机体的上表面固定安装有固定架。该用于医疗机构的污水处理装置，通过设置有阀门，可控制污水向搅拌桶的流动，通过设置有投料槽，可将污水处理剂从中投至搅拌桶内，通过设置有电机，可带动搅拌轴及搅拌杆转动，从而使污水处理剂与污水能更好的发生反应，通过设置有电磁阀，可控制搅拌桶内污水向灭菌箱流动的流速，防止污水溅出。