本实用新型提供一种净化有机污染土壤的系统。密闭大棚对有机物污染土壤粉碎处理中产生的尾气通过尾气净化子系统处理后排放，不污染环境。间接热脱附装置采用二段二层螺旋推进+梯度间接加热方式对有机物污染土壤进行异位间接热脱附处理，实现有机污染物土壤的净化。热脱附处理过程中产生的高温土壤经冷却装置冷却处理后填埋原场地，产生的高温脱附烟气通过烟气净化子系统净化处理后再排放。高温脱附烟气净化处理过程产生的洗涤废水通过废水净化子系统净化处理。脱除有机污染物后产生的清水排放至烟气净化子系统的降温装置中，为降温装置中的热交换提供冷却水，实现水资源的循环利用，同时还能够节省给降温装置提供的给水设备，节约设备成本。