本实用新型公开了一种湿地生态保护系统用防渗结构，包括基体，所述基体顶部外壁设置有碎石层，所述碎石层顶部设置有隔板，且隔板顶部设置有夯实土层，所述夯实土层顶部外壁设置有压板，所述基体顶部内壁的两侧均开设有安装槽，且两个安装槽的内壁均设置有连接机构，所述夯实土层顶部外壁的一侧设置有第一防水板，且夯实土层的一侧外壁设置有第二防水板，所述第一防水板顶部外壁的两侧均开设有圆槽，且两个圆槽的底部内壁均开设有圆口。本实用新型通过在基体内设置连接机构，通过连接机构拉紧第一防水板，进而通过第一防水板来压紧碎石层和夯实土层，避免各层之间热胀冷缩产生间隙，解决了现有间隙之间发生渗漏的问题。