本实用新型公开了一种离心机连接结构，旨在解决离心机密封隔离效果不佳，存在无菌环境被污染的风险的不足。该实用新型包括离心腔内胆、离心电机、支撑座，离心机内胆底面设有通孔，支撑座上端连接轴承座，支撑座和轴承座之间紧密连接密封垫，密封垫紧密连接在离心腔内胆内底面上，轴承座穿过通孔，轴承座上转动套装转轴，转轴上端连接转子，转轴下端连接磁性联轴器上磁体，支撑座内设有容置腔，磁性联轴器上磁体置于容置腔内，支撑座下端面紧密连接隔板，隔板盖合容置腔，隔板与支撑座下表面之间连接隔板密封圈；离心电机与支撑座紧固连接，离心电机输出轴连接磁性联轴器下磁体，磁性联轴器上磁体和磁性联轴器下磁体上下对应设置。