本实用新型提供一种磁悬浮冷却系统，包括压缩机、蒸发器、冷凝器、节流机构以及保温箱，压缩机为直流变频磁悬浮离心压缩机，压缩机、冷凝器、节流机构以及蒸发器依次连接构成制冷剂循环回路，且冷凝器上设有冷却液进口和冷却液出口，蒸发器固定在保温箱内，保温箱内设有防冻液，且蒸发器浸没在防冻液内，且保温箱上设有与冷却液出口连通的进液管，进液管上设有第一电磁阀，且冷却液出口与第一电磁阀之间设有一旁路出液管道，旁路出液管道上设有第三电磁阀，保温箱的底部还设有通过第四电磁阀控制的出液管，本实用新型不仅能够实现更好的防冻效果，且还能够实现热量回收，降低运行成本。