本公开涉及一种超声波清洗系统，包括组织处理机，所述组织处理机具有用于接收试剂以处理组织样本的工作室；超声波发生器，用于产生超声波信号，对所述工作室进行清洗处理；温度传感器模块，用于检测所述超声波发生器的第一温度和所述工作室内的试剂的第二温度；以及控制单元，与所述超声波发生器和所述温度传感器模块连接，用于接收所述第一温度和所述第二温度，并且根据所述第一温度或第二温度控制所述超声波发生器的操作。该超声波清洗系统能够加速组织处理机的工作室及其他相关部件的清洗过程，有效控制超声波发生器及工作室内部的温度以便稳定地发射超声波进行清洗，避免超声波发生器中的振荡器及其他元件因为高温失效或损坏，并且能够有效抑制超声波对于待处理的组织样本的损伤。