本实用新型描述了一种胶囊内窥镜的磁定位系统，包括：胶囊内窥镜；磁控装置；磁传感器模块；以及处理装置，其获取磁控装置位于预定位置时磁传感器模块感应的来自于磁控装置的第一磁感应强度、以及被检体位于磁控装置与磁传感器模块之间且磁控装置位于预定位置时由磁传感器模块感应的来自磁控装置和第一磁体的第二磁感应强度，基于第一磁感应强度和第二磁感应强度来计算磁传感器模块感应的来自胶囊内窥镜产生的第三磁感应强度，并且根据第三磁感应强度算出胶囊内窥镜的第一磁体相对于磁传感器模块的位置。在这种情况下，能够消除磁控装置所产生的磁场的干扰，并且能够准确的测得胶囊内窥镜在组织腔体中的定位位置。