本实用新型公开了一种肝素纳加工用原料分离装置，包括分离装置，通过搅拌轴、搅拌框、第一搅拌杆和、第二搅拌杆可以对肝素钠溶液进行充分分散，分离结构在升降滑动结构的作用下可以调整分离结构的位置，然后将肝素钠沉淀分层后的上层水有效地排出，不仅提高了肝素钠产品的质量，增加了装置的实用性，而且减少了肝素钠产品的损失，降低了生产成本，刮片的设置可以防止肝素钠残留在分离箱的内壁上，不仅节约资源，防止浪费，而且可以防止分离箱内壁生残留的肝素钠对其余的肝素钠造成污染，进一步提高了肝素钠产品的质量，锥形头在弹簧的作用下上下浮动，对出料口中的肝素钠产品有很好的推动作用，防止出料口堵塞，延长了装置的使用寿命。