本实用新型公开了一种用于车辆的空调系统以及具有其的车辆，所述空调系统包括：清洁装置、空调和控制器，清洁装置固定在车身上；空调与清洁装置连通，空调具有车内循环流道以及车外循环流道；控制器适于控制清洁装置对空调进行清洁，且在清洁过程中，控制空调关闭车内循环流道、开启车外循环流道。本实用新型的用于车辆的空调系统，一方面，通过在空调系统内设置清洁装置和控制器，使控制器控制清洁装置启动，清洁装置可以对空调进行自动清洁杀菌，以保持车内空气清新，从而提高乘车舒适性；另一方面，通过在空调内设置车内循环流道与车外循环流道，可以有效地避免清洁过程产生的气体进入到车内，从而保证车内空气的清洁。