本实用新型公开了一种基于微生物巢的生物脱氮处理装置。水体污染让本就短缺的水资源变得更为紧张，社会用水压力越来越大，污染水体治理及水资源重复利用迫在眉睫。本实用新型包括进水模块、营养液提供模块、生物反应池、微生物巢和溢流池。微生物巢设置在生物反应池内。微生物巢包括好氧投放管、兼氧投放管、厌氧投放管和菌剂容器。菌剂容器内设置有互不连通的好氧硝化菌层、兼性反硝化菌层和厌氧反硝化菌层。好氧投放管、兼氧投放管、厌氧投放管在生物反应池内按照从上至下依次排列。本实用新型通过微生物投放管在污水的不同深度部位定期投放指定类型的脱氮微生物，以此保持污水中脱氮微生物的活性以及污水的脱氮处理效率。