本实用新型涉及水利工程泵站技术领域，且公开了一种水利工程泵站安全防护结构，包括基板，所述基板的顶部固定连接有保护罩，所述基板的顶部固定连接有位于保护罩内部的水泵，水泵的左侧连通有一端延伸至保护罩左侧的进水转接管，所述水泵的顶部连通有一端延伸至保护罩右侧的出水转接管，所述进水转接管的左侧和所述出水转接管的右侧均连通有与基板固定连接的转接盒。该水利工程泵站安全防护结构，通过将水泵和步进电机安装在一个基板上，在与水泵和步进电机连接的联轴器外部加设支架固定，能防止水泵和步进电机在相对位置上的偏移，同时在水泵的出水口和进水口分别设置有进水转接管和出水转接口，从而实现了稳定性好的优点。