一种医疗用无菌水的制备系统，包括制水管路与浓水排水管路，所述制水管路连接有原水管道、原水箱、原水泵、一级反渗透膜过滤器、纯水管道、无菌纯水箱，所述浓水排水管路连接有反渗透膜过滤器浓水出水口、浓水排水管道，还包括预处理管路、重过滤净化管路、后置处理装置，所述预处理管路、重过滤净化管路包括砂滤器、炭滤器、软水器、保安过滤器，增压泵、反渗透膜过滤器，所述后置处理装置包括臭氧管、臭氧发生器，所述臭氧管一端连接无菌纯水箱，另一端连接臭氧发生器。本实用新型具有双重过滤功能，过滤净化效果更佳，水质更优；具有循环杀菌功能，使用或长时间停止制水期间，系统对用水管道及纯水箱内的纯水周期性杀菌，提高产水水质。