本实用新型提供一种氮磷营养盐污染底泥的处理系统，主要有处理淤泥的预处理区，所述淤泥经过预处理区处理后，通过污泥提升泵输送至叠螺式污泥脱水机，淤泥在叠螺式污泥脱水机前端与PAM药粉混合接触后脱水形成泥饼，预处理区的滤液与叠螺式污泥脱水机的污泥滤液通过滤液提升泵输送至混凝反应器中，还具有PAM自动加药装置分别为叠螺式污泥脱水机前端及混凝反应器供药，PAC加药装置分别为预处理区及混凝反应器供药，混凝反应器的混合液输送至磁分离设备中完成渣液分离，而后废渣进入磁回收装置中实现磁种和非磁种的分离，非磁种重新输送进入叠螺式污泥脱水机中。实现污染底泥的处理以及快速脱氮除磷，有效降低淤泥处理成本，避免二次污染。