本实用新型涉及一种提高深水导管架基础灌浆连接段清洁度的密封装置，包括插入水底泥土中的钢管桩，所述导管架基础的主导管下端插入钢管桩伸出泥面的悬臂段中，所述钢管桩的悬臂段内灌注有使导管架下端和钢管桩悬臂段固连在一起的高强灌浆料；钢管桩内部设置有至少一层位于高强灌浆料下方的高强土工膜。本实用新型密封装置通过在钢管桩内设置用于密封的高强土工膜，利用高强土工膜的过滤功能，能够有效减小钢管桩内土体上涌，提高桩内清洁度，进而减小导管架基础悬臂段长度，避免工程现场人工清淤，提高基础结构安全，优化导管架基础受力，减小灌浆工程量，降低工程投资；具有很好的技术推广价值，在海洋工程中具有广泛的应用前景。