本实用新型公开了一种折叠自动门机构，包括门框和两组活动门，所述门框设置有开口，两组所述活动门对称设置于开口内，每组所述活动门均设置有第一门体和第二门体，所述第一门体和所述第二门体之间可转动连接，所述门框位于开口内部两侧均设置有转轴，所述第一门体固定安装于转轴上，所述转轴连接有可驱动其绕轴心线转动的驱动装置，所述门框位于开口内部下端设置有导槽，所述第二门体底部可转动连接有导轮，所述导轮设置于导槽内并可沿导槽移动。该折叠自动门机构结构紧凑，适用于紧凑型CNC设备上，而且其采用两组活动门实现对开式折叠开门和关门，避免闸门因误碰或断气而由于自重而下坠造成的安全隐患，使用更加安全。