本实用新型公开了一种全自动反应器在线cip系统，属于制药技术领域，包括底座，所述底座的顶部安装有支撑柱，所述支撑柱的顶部安装有罐体，所述罐体的底部设有出料口，所述出料口上铰接有密封板，所述底座的顶部铰接有推杆电机，所述推杆电机的推杆与密封板铰接，所述罐体的顶部设有入口，入口上设有盖板，所述入口上设有罐体的上方设有气缸，气缸的活塞杆与盖板传动连接，所述罐体内转动安装有转轴，所述转轴上设有空腔，所述空腔的上连接有搅拌杆，所述搅拌杆上设有输送腔；本实用新型实现物料的充分混合反应，混合效果好，出料方便，可以自动化进行极大的节省人工，清洗效果好，提高反应器的使用质量。