本实用新型公开了一种微量臭氧浓度灭菌装置，包括臭氧箱和灭菌箱，所述臭氧箱内安装有臭氧发生器，所述臭氧箱与灭菌箱相连接的侧壁嵌有风机，所述风机的吸风口通过第一管道与臭氧箱连通，所述风机的排风口与所述灭菌箱连通，所述灭菌箱内设置有放置筒，所述放置筒顶部设有进料口，所述放置筒的顶壁设有第一通孔，所述放置筒内设有搅拌装置。本实用新型具有结构合理简单、生产成本低、安装方便，功能齐全，风机能够驱使灭菌箱和放置筒中的有害气体与臭氧发生器中的微量臭氧进行交换灭菌，从而达到了微量臭氧灭菌的效果；本实用新型的放置筒内设置有搅拌装置，可对医疗废物及生物废物进行搅拌灭菌，使得灭菌更彻底，大大提高了灭菌效果。